जेल नियमों के तहत फादर स्टेन स्वामी का अंतिम संस्कार किया गया। 

भारत के संघीय विदेश मंत्रालय के अनुसार, फादर स्टेन स्वामी की चिकित्सा जटिलताओं के बाद मृत्यु हो गई। 84 वर्षीय भारतीय जेसुइट पुरोहित स्टेन स्वामी, जिनकी हिरासत में मृत्यु हो गई थी, फादर स्टेन स्वामी का अंतिम संस्कार 6 जुलाई को किया गया था। अदालत ने जेसुइट अधिकारियों को जेल के नियमों का पालन करने के लिए कहा था।
फादर स्वामी का शव, जिनकी 5 जुलाई को मुंबई के होली फामिली अस्पताल में कोविड -19 जटिलताओं के बाद मृत्यु हो गई थी, अंतिम संस्कार की पवित्र मिस्सा बलिदान के बाद एक सरकारी श्मशान में ले जाया गया। "हालांकि फादर स्टेन स्वामी कोविड-19 से मुक्त था, हमें अदालत ने जेल के नियमों का पालन करने के लिए कहा है," जेसुइट फादर जोसेफ जेवियर ने 6 जुलाई को अंतिम संस्कार पवित्र मिस्सा के अंत में फादर स्टेन स्वामी के शरीर का अंतिम संस्कार करने के निर्णय की घोषणा के बाद कहा।
फादर जोसफ ने 7 जुलाई को बताया कि फादर स्टेन स्वामी को 4 जुलाई की शुरुआत में दिल का दौरा पड़ा। उन्हें वेंटिलेटर पर रखा गया और उन्हें कभी होश नहीं आया। 5 जुलाई को डॉक्टरों ने उनहें मृत घोषित कर दिया। अंतिम संस्कार पवित्र मिस्सा के बाद शाम करीब 6.30 बजे फादर स्टेन स्वामी के शव का इलेक्ट्रिक श्मशान में दाह संस्कार किया गया। बेंगलुरू शहर स्थित जेसुइट द्वारा संचालित इंडियन सोशल इंस्टीट्यूट के निदेशक फादर जोसेफ  अस्पताल में मृतक सामाजिक कार्यकर्ता फादर स्टेन के सहयोगी थे। वे मुंबई के जेसुइट प्रोविंस के प्रोविंशियल फादर अरुण डी सूजा के नेतृत्व में अंतिम संस्कार पवित्र मिस्सा में शामिल हुए। मुंबई के उपनगर बांद्रा में सेंट पीटर गिरजाघर के पल्ली पुरोहित फादर फ्रेजर मस्करेनहास की अगुवाई में अंतिम  संस्कार मिस्सा समारोह आयोजित की गई थी। कोविड-19 प्रतिबंधों के कारण केवल कुछ 20 लोग ही मिस्सा में शामिल हुए।
फादर जोसेफ ने कहा कि फादर स्टेन के अवशेष को पूर्वी भारत के रांची शहर में ले जाया जाएगा जहां फादर काम करते थे और जमशेदपुर शहर भी लाया जाएगा क्योंकि वे जमशेदपूर प्रोविंस के सदस्य थे।
प्रधान मंत्री नरेंद्र मोदी के तहत विदेश मंत्रालय के संघीय मंत्रालय के एक आधिकारिक बयान में कहा गया है कि फादर स्टेन स्वामी की चिकित्सा जटिलताओं के बाद मृत्यु हो गई। सरकारी बयान में कहा गया है कि फादर स्टेन स्वामी को भारत की आतंकवाद विरोधी पुलिस, राष्ट्रीय जांच एजेंसी (एनआईए) ने पिछले अक्टूबर में गिरफ्तार किया था और हिरासत में लिया था।
बयान में कहा गया है, "उनके खिलाफ आरोपों की विशिष्ट प्रकृति के कारण, उनकी जमानत याचिकाओं को अदालतों ने खारिज कर दिया था। ऐसी सभी कार्रवाई कानून के अनुसार सख्ती से की जाती है।" एनआईए ने झारखंड राज्य के आदिवासी लोगों के बीच काम करने वाले पुरोहित पर संघीय सरकार को अस्थिर करने के लिए गैरकानूनी माओवादी विद्रोहियों के साथ एक राजनीतिक साजिश का आरोप लगाया।
हम सभी इस बात से वाकिफ हैं कि किस तरह प्रमुख बुद्धिजीवियों, वकीलों, लेखकों, कवियों, कार्यकर्ताओं, छात्र नेताओं को जेल में डाल दिया जाता है क्योंकि उन्होंने अपना विरोध व्यक्त किया था।
फादर स्टेन ने आरोपों से इनकार किया था और गिरफ्तारी के तुरंत बाद एक संदेश में कहा था कि उनकी नजरबंदी सरकार की आलोचना को चुप कराने की योजना का हिस्सा थी।
फादर स्टेन ने कहा, "मेरे साथ जो हो रहा है वह कुछ अनोखा नहीं है, या अकेले मेरे साथ हो रहा है। यह एक व्यापक प्रक्रिया है जो पूरे देश में हो रही है। हम सभी जानते हैं कि कैसे प्रमुख बुद्धिजीवी, वकील, लेखक, कवि, कार्यकर्ता, छात्र नेता - उन सभी को सिर्फ इसलिए जेल में डाल दिया गया है क्योंकि उन्होंने अपनी असहमति व्यक्त की है। मैं कीमत चुकाने के लिए तैयार हूं, चाहे कुछ भी हो।"
बयान में कहा गया है कि अदालत ने एक निजी अस्पताल में फादर स्टेन स्वामी के लिए चिकित्सा उपचार की अनुमति दी "जहां उन्हें 28 मई से हर संभव चिकित्सा मिल रही थी।"
बयान में इस मामले में मानवाधिकारों के किसी भी उल्लंघन से इनकार करते हुए कहा गया है कि भारत में एक स्वतंत्र न्यायपालिका है, अधिकारों के उल्लंघन की निगरानी करने वाले राष्ट्रीय संस्थान हैं, एक स्वतंत्र मीडिया और एक जीवंत और मुखर नागरिक समाज है।
"भारत अपने सभी नागरिकों के मानवाधिकारों के प्रचार और संरक्षण के लिए प्रतिबद्ध है," इसने कहा, अप्रत्यक्ष रूप से मृतक पुरोहित के खिलाफ अधिकारों के उल्लंघन के सभी आरोपों को खारिज कर दिया।
सरकारी बयान के बाद मीडिया ने फादर स्टेन स्वामी की मौत पर आधिकारिक प्रतिक्रिया मांगी, जिसमें राजनीतिक नेताओं ने सरकारी चूक को दोषी ठहराया, जिसमें फादर स्टेन को जमानत से इनकार करना और चिकित्सा देखभाल में देरी करना शामिल था, जिसे नौ महीने पहले गिरफ्तार किया गया था।