तालिबान शासन के तहत अफगान ईसाइयों के लिए खतरे कई गुना बढ़ गए हैं। 

ईसाई अधिकार कार्यकर्ताओं और पर्यवेक्षकों का कहना है कि तालिबान के अधिग्रहण और अमेरिकी नेतृत्व वाली सेना की वापसी के बाद अफगानिस्तान में ईसाइयों के एक छोटे से समुदाय को कई खतरों का सामना करना पड़ रहा है। मिशन न्यूज नेटवर्क (एमएनएन) की रिपोर्ट के अनुसार, अल्पसंख्यक ईसाइयों का जीवन पहले से कहीं अधिक कठिन हो गया है और वे तालिबान शासन के तहत बढ़ते उत्पीड़न का सामना कर रहे हैं।
यूएस-आधारित ओपन डोर्स में एशिया के क्षेत्र निदेशक, सताए गए ईसाइयों का समर्थन करने वाले एक वैश्विक ईसाई समूह ने एमएनएन को बताया कि- "तालिबान शासन से पहले, ईसाइयों को पहले से ही अपने विश्वास को जीने में बहुत मुश्किल समय था।"
“उन्हें [ईसाइयों] को अपने परिवारों से इस डर से गुप्त रखना पड़ा कि उन्हें छोड़ दिया गया है, या इससे भी बदतर, मारे गए हैं। अब जबकि तालिबान सत्ता में है, उनकी भेद्यता दस गुना बढ़ जाती है।"
अमेरिका स्थित इंटरनेशनल क्रिश्चियन कंसर्न (आईसीसी) के अनुसार, अफगानिस्तान में ईसाई लगभग विशेष रूप से इस्लाम से धर्मान्तरित होते हैं और इनकी संख्या 10,000 से 12,000 होने का अनुमान है। चरमपंथी ताकतों द्वारा उत्पीड़न के कारण, ईसाई ज्यादातर लोगों की नज़रों से छिपकर एकांत जीवन जीते हैं।
ICC का कहना है कि तालिबान जैसे चरमपंथी समूहों के साथ-साथ रूढ़िवादी अफगान समाज के लिए, इस्लाम का त्याग करना एक अपमान माना जाता है और धर्मांतरित होने पर गंभीर परिणाम भुगतने पड़ सकते हैं।
15 अगस्त को अफगानिस्तान की राजधानी काबुल पर तालिबान द्वारा कब्जा किए जाने के बाद, एक ईसाई नेता ने देश के ईसाई समुदाय से अपील की कि वे कम प्रोफ़ाइल रखें और तालिबान लड़ाकों द्वारा लक्षित होने से बचने के लिए घर पर रहें।
"कुछ ज्ञात ईसाइयों को पहले से ही धमकी भरे फोन आ रहे हैं," ईसाई नेता ने आईसीसी को बताया। "इन फोन कॉल्स में अनजान लोग कहते हैं, 'हम आपके लिए आ रहे हैं।"
हाल ही में वायरल हुए एक वीडियो में, एक अशांत अफगान ईसाई ने दुनिया भर के ईसाइयों से भूमिगत चर्च को नहीं भूलने की गुहार लगाई और संघर्ष-ग्रस्त देश में ईश्वर के काम को जारी रखने" की कसम खाई। ईसाई समूहों ने अब तक तालिबान द्वारा ईसाइयों की किसी लक्षित हत्या की पुष्टि नहीं की है। हालांकि, ईसाई अधिकार संगठन रिलीज इंटरनेशनल के प्रवक्ता एंड्रयू बॉयड ने दावा किया कि तालिबान ईसाइयों के लिए "घर-घर खोज" कर रहे हैं और कम से कम एक ईसाई मारा गया है।
बॉयड ने यूके स्थित जीबी न्यूज को बताया, "तालिबान यह जांचने के लिए फोन की जांच कर रहे हैं कि उनके फोन पर कोई बाइबिल डाउनलोड है या नहीं। हमारे पास एक रिपोर्ट है कि इसके परिणामस्वरूप कम से कम एक हजारा मारा गया है।"
एक अफगान-कनाडाई ईसाई और स्क्वायर वन वर्ल्ड मीडिया के कार्यकारी निदेशक शोएब एबादी ने वॉयस ऑफ शहीद कनाडा (वीओएमसी) को बताया कि अधिकांश ईसाई विश्वासियों की खोज की जाती है क्योंकि उनके परिवार के सदस्य उन्हें रिपोर्ट करते हैं।
ये रिश्तेदार "पहला दुश्मन" बन जाते हैं क्योंकि उनका मानना ​​​​है कि ईसाई धर्मान्तरित होने से उनके परिवार के सदस्य इस्लामी विश्वास में लौट आएंगे, एबादी ने कहा, जिनके परिवार के सदस्य अफगानिस्तान में हैं।
कुछ मीडिया रिपोर्टों में दावा किया गया है कि अधिकांश विदेशी ईसाई नेता और कार्यकर्ता देश छोड़कर भाग गए हैं, जबकि अफगान चर्च के नेताओं को तालिबान से पत्र प्राप्त हुए हैं जिसमें कहा गया है कि उनके स्थानों और गतिविधियों पर कड़ी नजर रखी जा रही है।
अफ़ग़ान ईसाइयों के लिए इस सभी बुरी ख़बरों के बीच, शोएब एबादी का कहना है कि वह अस्थिर स्थिति के बावजूद ईसाइयों के लिए "अच्छी खबर" देखते हैं।
एबादी ने वीओएमसी को बताया- "अच्छी खबर यह है कि अफगान ईसाई अब इन समूहों [छोटे घर चर्च फैलोशिप] का नेतृत्व कर रहे हैं। वे अपने घरों में मिल रहे हैं, हर दिन अपनी जान जोखिम में डाल रहे हैं। अफ़ग़ानिस्तान के लोगों तक परमेश्वर के वचन को ले जा रहे हैं। और वे अपने पड़ोसियों, परिवारों और दोस्तों के साथ यीशु मसीह की खुशखबरी साझा कर रहे हैं।”