मणिपुर के ईसाईयों ने चर्चों को बंद करने के सरकार के प्रयास का विरोध किया। 

पूर्वोत्तर भारतीय राज्य मणिपुर में ईसाइयों ने कम से कम नौ चर्चों को बेदखल करने के राज्य सरकार के आदेश पर चिंता व्यक्त की है।
ऑल ट्राइबल स्टूडेंट्स यूनियन मणिपुर (ATSUM) और ऑल मणिपुर क्रिश्चियन ऑर्गेनाइजेशन (AMCO) ने राज्य सरकार के बार-बार अपील के बावजूद चर्चों को खाली करने के फैसले का विरोध किया।
24 दिसंबर को, राज्य के अधिकारियों ने 13 प्रतिष्ठानों को "सरकारी भूमि पर अतिक्रमण" करने के लिए बेदखली के आदेश जारी किए।
मणिपुर में पोरोमपाट के उप-विभागीय अधिकारी ने 42 वर्षीय स्थानीय सरकारी कानून, मणिपुर सार्वजनिक परिसर (अनधिकृत व्यवसायियों का साक्ष्य) अधिनियम, 1978 के तहत चर्चों को कारण बताओ नोटिस जारी किया।
इम्फाल पूर्व जिले में ट्राइबल कॉलोनी में और एक लीमाखोंग क्षेत्र में चार चर्चों और नौ चर्चों को नोटिस दिए गए।
एटीएसयूएम के महासचिव श्री एसआर एंड्रिया ने "मनमाने तरीके" का विरोध किया, जिसमें आदेश दिए गए थे।
उन्होंने कहा कि 2009 के सुप्रीम कोर्ट के आदेश में कहा गया है कि सार्वजनिक पार्कों, गलियों, सार्वजनिक स्थानों आदि के परिसर में निर्मित सभी धार्मिक संरचनाओं को विनियमित किया जाना चाहिए।
यह आदेश सरकार को अनधिकृत निर्माणों को हटाने, स्थानांतरित करने और नियमित करने के संबंध में एक नीति बनाने की अनुमति देता है।
2010 में, राज्य सरकार ने "मणिपुर नीति" के तहत "सार्वजनिक स्थानों पर धार्मिक प्रकृति के अनधिकृत निर्माण" की समीक्षा के लिए एक समिति का गठन किया।
पूर्व मुख्य सचिव की अध्यक्षता वाली समिति यह तय करने वाली थी कि किन इमारतों को वैध किया जा सकता है, और जिन्हें स्थानांतरित या हटाया जाना था।
2011 में, समिति नियमितीकरण (वैधीकरण) प्रदान करने के लिए 188 धार्मिक भवनों की एक सूची के साथ सामने आई।
श्री एंड्रिया ने कहा, "उन्होंने 188 पूजा स्थलों को नियमित किया (लेकिन) एक भी चर्च को शामिल नहीं किया गया।"
उन्होंने कहा कि नियमितीकरण की प्रक्रिया "कुछ लोगों के स्वाम और हित पर नहीं होनी चाहिए।"
उन्होंने कहा कि इस प्रक्रिया में राज्य के सभी धार्मिक समुदायों को शामिल करना चाहिए। उन्होंने कहा, "केवल ईसाई चर्च या ढांचे ही व्यवस्थित रूप से पीड़ित क्यों हैं?"
श्री एंड्रिया ने कहा कि "धर्मनिरपेक्षता का सिद्धांत" दांव पर है, यह कहते हुए कि धर्मनिरपेक्षता भारतीय संविधान में निहित है।
उन्होंने कहा- "हम राज्य सरकार से आग्रह करते हैं कि नियमितीकरण के आदेश में संशोधन किया जाना चाहिए, और धार्मिक संरचनाओं की एक समावेशी सूची बनाई जानी चाहिए।" 
एएमसीओ के अध्यक्ष रेव एस प्राइम वैफेई ने सवाल किया कि समानता और न्यायसंगत न्याय का सिद्धांत ईसाइयों पर क्यों नहीं लागू होता है।
उन्होंने पूछा- “ईसाई धर्म को हमारे लोगों के धर्म के रूप में भी क्यों नहीं माना या लिया जाता है? केवल ईसाई धार्मिक संरचना या चर्च ही व्यवस्थित रूप से पीड़ित क्यों हैं? "
उन्होंने अधिकारियों को मामले को देखने और पूजा के ईसाई स्थानों को वैध बनाने का आह्वान किया जैसे कि अन्य धर्मों के पूजा स्थलों पर किया गया है।
उन्होंने कहा कि यह दुर्भाग्यपूर्ण है कि अधिकारियों द्वारा ईसाई चर्चों को निशाना बनाया गया।
2011 की एक जनगणना से पता चलता है कि मणिपुर राज्य में 41.29 प्रतिशत लोग ईसाई हैं।